Kisah
Pada permulaan cerita, pelajar yang berusia 16 tahun yang bernama Shinichi Kudo telah menjadi budak lalu bertukar nama kepada Conan Edogawa. Shinichi pada mulanya telahpun terkenal sebagai detektif remaja. Pada suatu hari, Shinichi pergi ke taman permainan yang bernama "Taman Tropika" bersama Ran Mouri . Dia terlibat dengan kes apabila penunggang, Kishida, hilang kepalanya. Dia berjaya menyelesaikan kes tersebut dan ketika kepulangannya, dia menyaksikan satu pertemuan yang berlaku melibatkan sekumpulan lelaki yang memakai pakaian serba hitam. Malangnya, kehadirannya telah diketahui oleh salah seorang daripada mereka dan mereka memukul dan memberinya racun ujian yang bernama Apotoxin-4869 (APTX4869), yang sepatutnya membunuh Shinichi. Walau bagaimanapun, racun itu tidak membunuhnya tetapi sebaliknya, mengecutkan badannya hingga ke saiz pelajar sekolah rendah.
Dengan mengikut nasihat Dr. Hiroshi Agasa, Shinichi menyembunyikan identiti dan kisah sebenar kerana dikhuatiri akan diketahui penjahat berpakaian hitam tadi. Apabila Ran menanyakan namanya, Shinichi terlihat buku karangan Edogawa Ranco yang menjadikan namanya "Conan Edogawa." Agasa mengatakan yang "Conan" adalah saudaranya tetapi terlalu sibuk untuk menjaganya lalu mencadangkan "Conan" tinggal bersama dengan Ran, yang kemudiannya dipersetujui oleh mereka berdua.
Bapa Ran, Kogoro Mouri juga seorang detektif tetapi tidak begitu cekap. Conan sering menyelesaikan misteri untuknya. Dengan penampilan Conan yang hanya seorang budak, pihak polis jarang pedulikan Conan. Maka, Conan mempergunakan Detektif Mouri dengan menyuntiknya "jarum bius" dan berpura-pura menjadi Mouri dengan menggunakan pengubah suara yang ada di reben lehernya.
Watak utama yang muncul kemudian adalah seperti ibu bapa Shinichi iaitu Yusaku dan Yukiko Kudo , Heiji Hatsutori, pesaing dari Osaka, Perompak Ganjil (Kaitō Kid), pencipta APTX4869 Shiho Miyano (bergelar "Sherry" dalam kumpulan sindiket hitam tersebut yang turut menjadi kecil selepas mengambilnya sendiri dan tinggal bersama Dr. Agasa dengan nama Ai Haibara), dan ahli kumpulan hitam seperti Gin, Vodka, Tequila, Calvados, Pisco, Vermouth, Kir, Chianti, Köln, dan ketuanya yang misteri.
Detektif Conan mengikut format sastera klasik tentang misteri pembunuhan seperti Kes Belik Tertutup dan kes dengan suspek yang terhad. Ia juga merangkumkan dan menyimpulkan kes dalam cara yang sama.
Banyak rujukan sastera detektif yang digunakan yang seperti Sherlock Holmes, karya Agatha Christie, Kogo Watak Utama
- Shinichi Kudo (Kudō Shin'ichi) – Merupakan detektif yang kini menjadi seorang budak dengan nama Conan Edogawa(Edogawa Konan).
Hari lahir: 4 Mei
- Ran Mouri (Mōri Ran) – Sahabat baik Shinichi sejak sekoleh rendah lagi. Kedua-duanya saling menyintai tapi tidak berani berhadapan untuk meluahkan perasaan masing-masing. Dia pakar dalam seni mempertahankan diri dan kapten pasukan karate. Dia turut menjaga Conan (yang dia tidak tahu bahawa dia ialah Shinichi) dan bapanya yang kurang bertanggungjawab, Detektif Kogoro Mouri.
Hari lahir: 23 Jun
- Kogoro Mouri (Mōri Kogorō) – Bapa Ran, detektif persendirian yang tidak mahir. Dia pernah mengahwini Eri Kisaki, peguam berjaya, dan kini telah bbercerai dan tinggal berasingan. Walaupun agak kurang bertanggungjawab, dia amat menjaga anak perempuannya.
- Profesor Hiroshi Agasa (Agasa Hiroshi, atau Agasa-hakase, yang bermaksud Profesor Agasa) – Seorang professor yang agak cuai yang banyak mencipta alatan yang membantu Shinichi.
- Agata (Miyano Shiho) atau "Sherry") atau Ai Haibara (Haibara Ai) – Merupakan bekas ahli sindiket jenayah yang mencipta APTX 4869, racun yang mengecilkan Shinichi. Shiho mengkhianati organisasi itu selepas Gin membunuh kakanya, Akemi Miyano. Shiho mengambil dadah tersebut dengan hasrat membunuh diri tetapi sebaliknya, seprti Shinichi, dia turut menjadi kecil. Dia dijaga oleh Dr. Agasa dan menjadi rakan dan pembantu Conan Edogawa' dengan nama Ai Haibara.
- Genta Kojima (Kojima Genta) – Rakan Ayumi dan mendakwa dirinya sebagai ketua Pasukan Dekektif Muda (Detective Boys, atau Shōnen Tantei). Dia berbadan besar dan sering mendakwa dirinya betul tetapi turut mementingkan persahabatan.
- Mitsuhiko Tsuburaya (Tsuburaya Mitsuhiko) – Rakan Ayumi yang minat dengan Ayumi dan Ai Haibara.
- Ayumi Yoshida (Yoshida Ayumi) – Seorang gadis kecil yang menjadi kawan Conan, Ayumi merupakan satu-satunya ahli perempuan dalam kumpulan mereka (sebelum kemasuka Ai Haibara). Dia jatuh hati kepada Conan (yang membuatkan Conan tidak selesa kerana dia menyukai Ran).
Pegawai Polis
- Inspektor Jyuuzo Megure (Megure Jūzō; Inspektor Megure Megure-keibu) - Seorang detektif/pegawai polis yang mendedahkan pembayang yang tidak diperasankan oleh Conan dan Kogoro Mouri. Kogoro pernah bekerja di bawahnya 10 tahun yang lalu. Dia jarang menanggalkan topinya kecuali pernah dilihat ketika dia diserang yang mendedahkan parut lamanya.
- Miwako Sato (Satō Miwako) – Pegawai polis muda yang bekerja dengan Megure. Bapanya juga merupakan pegawai polis sebelum dibunuh ketika Sato hanya berusia enam tahun. Rakan lamanya, Matsuda terbunuh dalam satu letupan. Dia merupakan seorang yang tabah, berani, bersemangat dan popular di kalangan polis lelaki dalam unit yang sama.
- Wataru Takagi (Takagi Wataru) – Seorang lagi pegawai yang bekerja dengan Megure dan terpikat dengan Satou. Dia sering digambarkan sebagai orang yang sering gementar tapi tidaklah tak berguna. Kebolehannya adalah mampu menganalisis suatu situasi dengan cepat dan mengambil keputusan yang cepat apabila semuanya telah diketahui
